MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018189	CCG	2	6	12	17	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_018189	GAGC	2	8	27	34	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_018189	GCT	2	6	54	59	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018189	CAGG	2	8	72	79	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018189	CCA	2	6	148	153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_018189	CG	3	6	216	221	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_018189	TGC	2	6	225	230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_018189	GCG	2	6	234	239	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018189	ACGT	2	8	246	253	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_018189	GCG	2	6	265	270	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_018189	GCA	3	9	295	303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018189	GAC	2	6	321	326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018189	GCC	2	6	362	367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_018189	TCG	2	6	468	473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018189	TGA	2	6	475	480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018189	CCT	2	6	484	489	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_018189	CTG	2	6	542	547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_018189	GC	3	6	584	589	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_018189	GGCT	2	8	590	597	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_018189	GA	3	6	599	604	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018189	GAC	2	6	606	611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018189	CTC	2	6	671	676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_018189	TGC	2	6	708	713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018189	GCG	3	9	717	725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018189	CGT	2	6	807	812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018189	CGAGC	2	10	937	946	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_018189	TGC	2	6	1008	1013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018189	TGA	2	6	1042	1047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018189	GCG	2	6	1141	1146	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018189	ACG	2	6	1261	1266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_018189	CAG	2	6	1276	1281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018189	TGT	3	9	1294	1302	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018189	TCCT	2	8	1341	1348	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_018189	CTT	2	6	1358	1363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018189	GCT	2	6	1377	1382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018189	GAT	2	6	1426	1431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018189	CGC	2	6	1496	1501	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_018189	AAG	2	6	1502	1507	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018189	CG	3	6	1537	1542	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
40	NC_018189	CGAGC	2	10	1570	1579	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_018189	GTAC	2	8	1632	1639	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_018189	CGG	2	6	1660	1665	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018189	TGA	2	6	1675	1680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018189	GCG	2	6	1774	1779	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018189	GCG	2	6	1782	1787	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018189	CCA	2	6	1800	1805	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_018189	CGC	2	6	1850	1855	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_018189	CT	3	6	1881	1886	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_018189	ATCC	2	8	1937	1944	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018189	CAA	2	6	1999	2004	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_018189	GGCA	2	8	2023	2030	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_018189	TTC	2	6	2057	2062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_018189	TGTT	2	8	2082	2089	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018189	TGA	2	6	2119	2124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018189	GC	3	6	2164	2169	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_018189	CTC	2	6	2217	2222	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_018189	GCA	2	6	2410	2415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018189	CCCG	2	8	2509	2516	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
59	NC_018189	CTG	2	6	2555	2560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_018189	CTT	2	6	2573	2578	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018189	CCG	2	6	2599	2604	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_018189	TTG	2	6	2724	2729	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018189	CCT	2	6	2746	2751	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_018189	GAA	2	6	2833	2838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356089
65	NC_018189	GCA	2	6	2914	2919	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356089
66	NC_018189	GGC	2	6	2931	2936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356089
67	NC_018189	GAA	3	9	2944	2952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018189	GCC	2	6	2962	2967	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_018189	CTTC	2	8	2983	2990	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_018189	GAC	2	6	3011	3016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018189	GAG	2	6	3032	3037	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018189	GC	3	6	3041	3046	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_018189	AG	3	6	3086	3091	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018189	GGC	2	6	3146	3151	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356090
75	NC_018189	TGA	2	6	3170	3175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356090
76	NC_018189	AATCC	2	10	3237	3246	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.